La microbiota del intestino delgado tiene un papel crucial en la salud gastrointestinal, afectando la digestión, la función inmune, la homeostasis de los ácidos biliares y el metabolismo de los nutrientes. Los desafíos de accesibilidad en este sitio significan que nuestro conocimiento de la microbiota del intestino delgado está menos desarrollado que el de la microbiota colónica o fecal. En este trabajo se resumen las características y fluctuaciones de la microbiota a lo largo del tracto intestinal delgado, centrándonos en los humanos, y discutimos los factores fisicoquímicos y los métodos de evaluación, incluidos los desafíos técnicos de investigar la baja biomasa microbiana del intestino delgado proximal. Se destacan los mecanismos de protección esenciales del intestino delgado, incluida la motilidad, la barrera paracelular y el moco, y la inmunidad secretora, para mostrar sus funciones en la limitación de la exposición excesiva de los tejidos del huésped a los metabolitos microbianos. Finalmente, los autores abordan las brechas de conocimiento actuales, en particular la variabilidad entre individuos, los efectos de la disbiosis de la microbiota del intestino delgado en la salud y cómo los diferentes taxones en la microbiota del intestino delgado podrían compensarse entre sí funcionalmente.
