¿Quién negaría hoy día la importancia de la interacción bidireccional entre el huésped y el microbioma? Pero algo que hemos aprendido es que las poblaciones de microbiota son diferentes en los estados patológicos, pero, lo que es más importante, que el entorno intestinal es fácilmente maleable, dinámico y, de hecho, volátil, hasta el punto de que las firmas de la microbiota intestinal son esencialmente únicas en cada persona y, de hecho, variables a lo largo del intestino. En consecuencia, ha resultado difícil y puede resultar intratable definir un perfil de microbiota normal y saludable. Por tanto, se debería poner un freno considerable a la interpretación demasiado entusiasta de cualquier estado en el que se ajuste el microbioma. En esencia, no conocemos las consecuencias fisiológicas de una firma microbiana alterada, que incluso se extiende a circunstancias en las que hay una abundancia de microbios "malos". El microbioma intestinal es un ecosistema profundamente complejo. Por lo tanto, los cambios en la microbiota (que en los grupos de "prueba" frente a los de control deberían considerarse casi inevitables) deben analizarse con cautela y en contexto.
