Los antibióticos son fundamentales en el manejo de la sepsis; sin embargo, el tratamiento empírico óptimo sigue siendo objeto de debate. Si bien los anaerobios rara vez son el patógeno causante de la sepsis, se utilizan con frecuencia antibióticos dirigidos contra ellos, lo que podría tener consecuencias imprevistas. Múltiples estudios han demostrado que la depleción de microbios intestinales anaerobios comensales por antibióticos antianaerobios influye en la inmunidad sistémica y se asocia con un aumento de la mortalidad en pacientes con sepsis. Sin embargo, este conocimiento aún no se ha aplicado a la práctica clínica. Al considerar la cobertura empírica de patógenos anaerobios en la sepsis, la mayoría de los médicos abogan por un enfoque de "más vale prevenir que curar". En este punto de vista, los autores argumentan que los antibióticos antianaerobios a menudo pueden resultar en "lamentar" en lugar de "asegurar".
