Las alteraciones del microbioma intestinal del lactante durante las primeras semanas o meses de vida afectan el crecimiento, el desarrollo y la salud. En particular, la formación de una microbiota intestinal alterada durante el desarrollo infantil da lugar a un mayor riesgo de enfermedades inmunitarias y metabólicas que pueden persistir durante la infancia y, potencialmente, hasta la edad adulta. La mayor parte de las investigaciones sobre el desarrollo del microbioma intestinal se han centrado en los bebés nacidos a término, pero los resultados relacionados con la salud también son importantes en el caso de los bebés prematuros. La inmadurez fisiológica sistémica de los bebés nacidos muy prematuros (antes de las 32 semanas de gestación) da lugar a numerosas interacciones entre el microbioma y los órganos, cuyos mecanismos aún no se han dilucidado por completo o, en algunos casos, ni siquiera se han considerado. En esta revisión narrativa, se comparan la formación del microbioma intestinal en los bebés prematuros y los nacidos a término. Se pone el foco en las implicaciones clínicas de la composición del microbioma intestinal de los bebés prematuros y se analizan las perspectivas de diagnóstico e intervenciones del microbioma para mejorar la salud de los bebés prematuros.