Genome-wide association testing beyond SNPs

Investigadores: Laura Harris, Ellen M. McDonagh, Xiaolei Zhang, Katherine Fawcett, Amy Foreman, Petr Daneck, Panagiotis I. Sergouniotis, Helen Parkinson, Francesco Mazzarotto, Michael Inouye, Edward J. Hollox, Ewan Birney, Tomas Fitzgerald

Décadas de pruebas de asociación genética en cohortes humanas han proporcionado información importante sobre la arquitectura genética y los fundamentos biológicos de rasgos y enfermedades complejos. Sin embargo, para ciertos rasgos, los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) para SNP comunes se están acercando a la saturación de la señal, lo que subraya la necesidad de explorar otros tipos de variación genética para comprender la base genética de los rasgos y las enfermedades. La variación del número de copias (CNV) es una fuente importante de heredabilidad que se sabe que afecta funcionalmente los rasgos humanos. Los avances tecnológicos y computacionales recientes permiten la evaluación a gran escala de CNV en todo el genoma, con implicaciones para aplicaciones posteriores como la puntuación de riesgo poligénico y la identificación de dianas farmacológicas. En este trabajo se revisa el estado actual de CNV-GWAS, discutimos las limitaciones actuales en la infraestructura de recursos que deben superarse para permitir una adopción más amplia de los resultados de CNV-GWAS, destacamos las oportunidades emergentes y sugerimos pautas y estándares para futuros GWAS para la variación genética más allá de los SNP a escala.

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