El intestino de los mamíferos está colonizado por billones de microorganismos que se conocen colectivamente como la microbiota intestinal. La mayoría de los simbiontes han coevolucionado con su anfitrión en una relación mutualista que beneficia a ambos. En determinadas condiciones, como en la enfermedad de Crohn, un subtipo de enfermedad inflamatoria intestinal, algunos simbiontes proliferan y provocan enfermedades en huéspedes genéticamente susceptibles. Aunque la identidad y la función de los microorganismos causantes de enfermedades o patobiontes en la enfermedad de Crohn siguen siendo en gran medida desconocidas, la creciente evidencia de modelos animales sugiere que los patobiontes que desencadenan la colitis similar a la enfermedad de Crohn habitan en determinados nichos y penetran en el tejido intestinal para desencadenar la inflamación. En esta revisión, se analizan los distintos nichos ocupados por los simbiontes intestinales y la evidencia de que los patobiontes que desencadenan la enfermedad de Crohn viven en la capa de moco o cerca del epitelio intestinal. También se explora cómo las mutaciones asociadas a la enfermedad de Crohn en el huésped alteran la homeostasis intestinal al promover la penetración y acumulación de patobiontes en el tejido intestinal. Por último, se discute el papel potencial de las intervenciones basadas en el microbioma en las estrategias terapéuticas de precisión para el tratamiento de la enfermedad de Crohn.
