Los lípidos son constituyentes celulares importantes dotados de una diversidad estructural sorprendente. Las vías responsables del ensamblaje y la eliminación de las diferentes especies de lípidos requieren un gran esfuerzo energético, y los genes que codifican los factores metabólicos lipídicos y las proteínas relacionadas con los lípidos constituyen una fracción considerable de nuestro genoma codificante. A pesar de la importancia de los lípidos, la importancia biológica de la diversidad estructural de los lípidos sigue siendo en gran medida desconocida. Los recientes avances tecnológicos han permitido un análisis exhaustivo de los lípidos a nivel de células individuales, lo que ha revelado una variabilidad inesperada entre células en la composición lipídica. Esta nueva evidencia sugiere que la diversidad de lípidos se explota en la multicelularidad y que los lípidos tienen un papel en el establecimiento y el mantenimiento de la identidad celular. En esta revisión, se destacan los conceptos y las tecnologías emergentes en el análisis de lípidos de células individuales y las implicaciones de esta investigación para futuros estudios.