El trastorno depresivo mayor es una enfermedad mental debilitante que pone en grave peligro la salud humana. Su patogénesis es sumamente compleja y los tratamientos tradicionales enfrentan desafíos sustanciales. Un creciente número de hallazgos preclínicos y clínicos destaca el importante papel del microbioma intestinal en la patogénesis de la depresión y su potencial como diana diagnóstica y terapéutica. Una comprensión más profunda de cómo el microbioma intestinal regula la depresión mejorará considerablemente su aplicación clínica, optimizará las estrategias de diagnóstico y tratamiento, y allanará el camino para la medicina de precisión basada en la microbiota para la depresión. En esta revisión, se resumen las alteraciones microbianas composicionales y funcionales asociadas a la depresión, se delinean sus contribuciones mecanísticas a la patogénesis de la enfermedad y se evalúa su potencial como nuevos biomarcadores diagnósticos y dianas terapéuticas.