En el intestino, el sistema inmunitario se encuentra con una amplia gama de antígenos microbianos, así como con componentes dietéticos. Las células presentadoras de antígenos (CPA) desempeñan un papel fundamental en la adaptación de una respuesta inmunitaria adecuada, garantizando tanto la tolerancia a antígenos inocuos como la protección contra patógenos. Una explosión de estudios transcriptómicos unicelulares ha revelado nuevos subconjuntos de CPA en los tejidos mucosos y los ganglios linfáticos, sobre todo en el intestino. Aprovechar al máximo su potencial para generar inmunidad protectora durante la vacunación oral o la restauración de la tolerancia en enfermedades inflamatorias o alérgicas requiere una comprensión profunda de sus funciones únicas y sus programas de diferenciación. En este artículo, se revisa la creciente comprensión de la heterogeneidad de las CPA y analiza cómo el equilibrio y la cooperación entre los distintos subconjuntos configuran la inmunidad mucosa, la inflamación y la tolerancia.