El microbioma intestinal forma un ecosistema que proporciona al huésped numerosos beneficios, como la digestión con generación de nutrientes, la protección contra patógenos y la maduración del sistema inmunitario. Las alteraciones en el ecosistema microbiano asociadas con la artritis reumatoide y la espondiloartritis han dado lugar a la hipótesis intestino-articulación, que postula que estos cambios ecológicos causan disfunción inmunitaria que contribuye al desarrollo de la artritis. Los mecanismos por los cuales la disbiosis podría desencadenar la artritis incluyen el mimetismo molecular, la desregulación de la inmunidad mucosa, la translocación microbiana, la producción de metabolitos inmunomoduladores y el tráfico de células inmunitarias.
